高さ約24m、幅約50m、現存では国内最大の楼門建築である。徳川秀忠の命で建立されたが、平成の修理時に元和7年(1621)の墨書が確認され、建築年代が確定した。屋根を支える組物は、禅宗様に通じ、禅寺の山門に似る。
三門は南禅寺三門・東本願寺御影堂門と並んで京都三大門と称されている。
「浄土宗の総本山で、華頂山知恩教院大谷寺とよばれる。 法然は、美作国久米(現、岡山県久米郡)の出身で、15歳から比叡山へ入り、出家修行生活を送ったとされる。法然房源空と名乗り、43歳で「専修念仏(南無阿弥陀仏と唱えれば極楽往生できる)」を広めようと、比叡山から出て吉水を布教活動の拠点とした。」(※)
この大鐘は寛永13年(1636)に鋳造されたもので、日本三大梵鐘の一といわれ、高さ約3.3m、口径約2.8m、厚さ約30cm、重さ約70トンある。
除夜の鐘には僧侶十七名により鐘がつかれ、数万人の参詣者で賑わう。